肛门疼痛要根据病因来选择用药。如果是因为痔疮所引起的肛门疼痛，可用黄柏洗液局部熏洗坐浴，促进肛周的血液循环，缓解血栓。肛门内可以塞马应龙麝香痔疮栓，肛外可以涂抹熊胆痔疮膏。结合口服迈之灵，扩张局部的血管，提高血管的通透性，能促进痔疮痊愈。如果是因为肛裂所引起的肛门疼痛，出现发炎，可以口服左氧氟沙星消炎，伤口裂处可以涂抹红霉素软膏，消炎、消肿止痛。结合用中药局部坐浴，促进肛裂伤口逐渐愈合。饮食要避免吃辛辣刺激的食物。