慢性结肠炎可以选择抗菌素，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂，肠道微生态制剂等药物进行治疗。慢性结肠炎主要包括肠结核，溃疡性结肠炎，克罗恩病等。肠结核是由结核杆菌引起的慢性肠道炎症，可以选择抗结核药物治疗，疗程需要半年到九个月。溃疡性结肠炎和克罗恩病同属于炎症性肠病，是一种多因素引起的，与自身免疫异常相关的慢性反复发作性的肠道炎症。可以选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等治疗，疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗。肠道微生态制剂对缓解腹胀、腹痛有一定的疗效，患者可以通过做肠镜检查，明确诊断。