小儿慢性腹泻要积极寻找引起病程迁延的原因，针对病因进行治疗，切忌滥用抗生素，避免顽固性的肠道菌群失调。预防和治疗脱水，纠正电解质及酸碱平衡紊乱，营养治疗，此类病人多有营养障碍，继续喂养对促进疾病恢复、对黏膜损伤的修复、胰腺功能的修复、胃绒毛上皮细胞双糖酶的产生等是必要的治疗措施，禁食对机体有害。营养治疗能进行母乳的要继续母乳喂养，人工喂养应调整饮食，小于六个月的婴儿用牛奶加等量的米汤和水稀释或发酵的奶，也可以用一些骨类混合物，每天喂六次，以保证热量的供给。双糖不耐受患者，由于有不同程度的原发和继发性的双糖酶缺乏，要注意补充。过敏的腹泻应该用无双糖，饮食后腹泻仍不改善时考虑对蛋白质过敏，如牛奶、大豆等过敏的可能性，应该改用其它饮食。要素饮食是肠黏膜受损患儿最理想的食物，是氨基酸、葡萄糖、多种维生素和微量元素组成的，即使在严重黏膜损害和胰消化酶、胆盐缺乏的情况下仍能吸收与耐受，应用时浓度及剂量视儿童的情况不同而定，静脉营养也是必要的。药物治疗针对特别的情况分离出抗生素敏感的药进行治疗，再就是中医辨证治疗，是一个大的工程。