药物治疗睡眠障碍的副作用有：一.长期应用镇静催眠类药会产生依赖性和耐受性等，依赖性是指患者越用量越大，一开始吃一片有用，慢慢吃2-3片有用，量大了就是产生耐受性了;二.有依赖性的患者如果突然停药，会产生戒断症状：睡不着觉，更加过度兴奋。三.一般的短期失眠靠药物可好转，慢性失眠10-30年，光靠药物就没用了，患者对药物成瘾，实际上应该在药物的基础上，采用非药物治疗、物理治疗、和心理治疗。药物治疗分为中药和西药，但是中成药中药的副作用小，镇静作用比较轻；西药有副作用，实际上现在主要应用苯二氮卓类和非苯二氮卓类药物治疗失眠。