来月经的时候肛门疼痛有以下几种原因：1、子宫处于后屈后倾位的状态，来月经的时候盆腔充血，加上月经血在宫腔之内，会刺激到直肠，引起直肠局部的疼痛。来月经的时候最好采取俯卧位，趴在床上休息。建议在腰部敷热水袋，促进局部血液循环，使月经血流出的更顺畅，减少月经期肛门坠痛的感觉。2、直肠内有子宫内膜异位症的病灶，来月经的时候子宫内膜脱落，异位症的病灶也会出现出血的现象，就会引起肛门疼痛。疼痛相对比较严重，往往严重的干扰病人的日常生活和工作，建议进一步检查，给予治疗。