先天性甲状腺功能低下，在临床上主要是采用甲状腺激素制剂进行补充和替代治疗，但是治疗的效果是和发生先天性甲减的时间以及严重程度有关的。另外可以针对先天性甲低出现的并发症进行对症治疗。如果是在婴幼儿时期，已经发生先天性甲低而没有进行良好的治疗，而现在已经达到了成年人，此时智力的恢复是比较困难的，应用甲状腺激素的补充和替代主要是缓解目前的甲低状态，改善患者的一般情况，但是智力很难恢复正常。而如果是在成年后发生的甲状腺功能低下，在青少年时期并不明显，这种情况可以在应用甲状腺激素补充和替代后恢复原有的最好的智力情况。所以，一旦发现先天性甲状腺功能低下，应该尽早的进行治疗。对于已经伴有并发症的情况，比如心脏的问题，则需要进行对症治疗。