慢性粒细胞白血病的晚期症状，患者会出现不明原因的发热，脾脏进一步的肿大，会出现全身各个部位的感染，最常见的感染有肺部，口腔，牙龈，肛周等部位。部分患者会出现骨关节的疼痛，以及随外肿物浸润的现象，例如淋巴结的肿大，皮肤软组织肿块。有的患者还会出现阴茎异常勃起，皮肤结节，眼眶浸润出现绿色瘤，导致患者出现复视或失明。部分患者会出现中枢神经系统白血病，临床的症状有头痛，呕吐，抽搐，甚至是昏迷。