注射用单磷酸阿糖腺苷在临床上的主要禁忌还尚不明确，很少见。这个药物在使用过程中部分患者会出现一些不良反应，表现为注射部位的疼痛，可出现有神经肌肉的疼痛，以及关节疼痛，偶可见血小板减少，白细胞减少或者骨髓巨细胞增多的现象，一般停药之后可以自行恢复，为可逆性。这个药物在使用过程中，对于孕妇是需要慎用的。这个药物主要是抗病毒药，用于治疗疱疹病毒感染所导致的口炎，皮炎，脑炎，以及巨细胞病毒的感染。