对于复发性口腔溃疡，治疗的方法应该以消除病因、增强体质、对症治疗为主，坚持全身治疗和局部治疗相结合，心理治疗和生理治疗相结合。口腔溃疡坏损的局部可以使用口腔炎喷雾剂或者西瓜霜外用。也推荐使用成纤维细胞生长因子类的药物来促进溃疡表面的粘膜，重生愈合以便达到恢复创面、愈合溃疡、减轻疼痛的目的。此外，还要注意保持口腔清洁，每日使用抗菌消炎药，同时每日使用漱口水适当漱口，同时锻炼身体，提高体抵抗力、免疫力。还有每日要适当的补充微量元素及维生素，一般来说两周左右，口腔溃疡即可自愈。如果长期患有免疫系统疾病，并复发性口腔溃疡的患者，可以应用一些免疫抑制类的药物来调节免疫，能够尽量减缓复发性口腔溃疡间隔的时间，减少每次发作的持续时间。