皮肤真菌感染在临床上不同皮肤部位，其真菌感染所使用的药物也有区别。例如头部的皮肤真菌感染，称为头癣，临床上可以使用硫磺软膏或者是特比萘芬霜剂等外用，连续使用八周左右。对于躯干等部位出现的皮肤真菌感染，称之为体藓和股藓，这类皮肤真菌感染一般使用特比萘芬霜剂或者是联苯卞唑霜剂等外用，持续至少两周以上。对于手和足部的真菌感染，称为手癣或足癣，由于手部和足部的掌跖皮肤比较厚，故在治疗时，建议先外用溶液浸泡，当角质层较薄后可以使用一些含有角质剥脱剂的抗真菌软膏进行治疗，该治疗维持的时间至少是1到2个月。对于甲癣的真菌治疗，一般是采用口服抗真菌药物。