子宫颈腺囊肿，绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化，大多是由于腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。通常情况下，不需要特殊的处理。可能是由于子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈管腺口或者深入线管内，将线管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿，或者子宫颈局部损伤，子宫颈慢性炎症使线管口狭窄，也可导致子宫颈腺囊肿的形成。通常情况下表现为子宫颈表面突出单个或多个青白色小囊泡，比较容易诊断，但是深部的子宫颈腺囊肿，子宫颈表面没有异常，可表现为子宫颈肥大，还需要与子宫颈腺癌相辨别。