肛瘘指肛管周围的肉芽肿性管道，大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，脓肿自行破溃或切开引流，形成外口，位于肛周皮肤，由于外口生长较快，脓肿常假性愈合，导致脓肿反复发作破溃或切开，形成多个瘘管和外口，使单纯性肛瘘成为复杂性肛瘘。结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病等特异性的炎症，也会引起肛瘘。如果患者遭受外力打击或者异物插入肛门直肠，也会导致肛管外伤，细菌入侵导致感染，也会引起肛瘘。