精神疾病的原因有很多，有遗传因素、社会心理因素、生物学因素，还有中枢损伤、脑功能、结构的异常因素。关于遗传因素，目前还不明确，发现明显的家族聚集倾向，一级亲属的患病率比普通人群要高，遗传度比较高；孤独症谱系障碍的患者同卵双生子同病率可以达到90%，而异卵双胞胎同病率只有40%左右。社会心理因素，有一些疾病如分离障碍、应激相关障碍，有明显的负面的生活事件刺激；神经生化递质在精神分裂、抑郁症发病起重要作用，五羟色胺、去甲肾上腺素、多巴胺这些神经递质的浓度改变有关系，与抗精神病药、抗抑郁药作用机制有关。