精子畸形率高，往往可能合并有一些基础性的疾病，例如精囊炎、前列腺炎、睾丸附睾炎等，可以查尿常规、精液常规和前列腺液常规来辅助诊断。隐睾以及精索静脉曲张，可以通过查阴囊彩超和腹腔B超来判别。还有更少见的是一些先天性的染色体和激素分泌异常。只有将这些疾病一一排除，纠正了以后，精液的质量才有进一步改善的可能性。这些疾病，如炎症类的疾病可以通过抗生素来针对性治疗，而睾丸精索静脉曲张、隐睾都需要手术治疗，先天性的疾病治疗难度更大，并不是单纯吃药就可以解决的。