肾结石引起的疼痛可能是由于肾包膜张力高、尿路梗阻不完全、肾盂和肾盏腔压力升高等原因造成的。结石在游走时，石头也可能会割破输尿管，造成输尿管损伤和疼痛。输尿管结石会导致输尿管腔张力增加和痉挛性疼痛。肾结石输尿管结石可伴有各种局部症状，如炎症、粘膜刺激、水肿和蠕动增强，这些症状也会引起疼痛。一般来说，疼痛大多位于腰肋或腰背的同一侧。这已在临床上得到了证实。如果结石患者接受肾盂穿刺，肾盂压力将下降，患者的疼痛就可以消失了。