阴茎短小在病因上分为促性腺激素分泌过多所导致的性腺功能减退、促性腺激素分泌不足所致的性腺功能减退，以及原发性小阴茎，在治疗上主要采用内分泌治疗和手术治疗两大类方法。内分泌治疗通常选择的药物有睾酮、双氢睾酮、绒毛膜促性腺激素、黄体生成素，以及促性腺激素释放激素等等，可以单独或者联合应用。给药途径有口服、肌肉注射、皮内注射、吸入，或者是局部应用。手术方法主要予以治疗青春期以后阴茎仍然较短者，学者认为成年阴茎静息状态下小于4cm，或者勃起状态下小于7.5cm，考虑应该进行阴茎延长术，不主张应用于婴幼儿。