十二指肠溃疡的药物治疗，首先要进行幽门螺杆菌的检测，看是否有幽门螺杆菌的感染染。如果患者有幽门螺杆菌的感染，首先要进行根除幽门螺杆菌的治疗，常采用四联的疗法。包括一种质子泵抑制剂，两种抗生素和一种铋剂，疗程为14天，停药一个月后再复查。十二指肠溃疡的患者，还应该口服抑制胃酸分泌的药物，比如奥美拉唑，兰索拉唑和雷贝拉唑，还有保胃黏膜的药物，比如铝碳酸镁，膜固斯达。如果患者有存在反酸等症状，还需要使用促进胃肠动力的药物，比如吗丁啉。