引起患者早晨起床时肾脏出现疼痛的原因有：第一、肾脏炎症，当肾脏有炎症时，经过一夜的肾脏浓缩功能就会导致尿液浓缩，肾脏炎症也会随之加重，当炎症细胞浓缩后就会导致出现肾脏疼痛的不适症状。建议大量饮水产生大量尿液稀释炎性细胞，可以有效改善肾脏疼痛。第二、肾脏结石，早上起来活动导致肾结石位置改变，从而导致肾脏出现疼痛。第三、腰部肌肉或腰椎有问题，早上从卧位改成坐位或立位的姿势，引起腰部肌肉或腰椎疼痛，误以为肾脏疼痛。建议患者应该予以重视，及时就医检查，在医生指导下对症治疗。