肛门疼痛的原因有可能是混合痔嵌顿或者血栓性外痔、肛裂、肛瘘、肛周脓肿等引起的。另外，患者肛管有肿瘤，也有可能会导致肛门有疼痛，所以建议患者要做肛门指检，必要的时候要做肠镜等等来进行检查。在临床比较常见的是混合痔，肛裂或者肛周脓肿导致患者肛门有疼痛，明确诊断以后，通常是需要进行治疗的。如果是肛周脓肿或者肛裂引起的疼痛，一般建议及时做手术；如果是由于混合痔所引起的，在病情轻的时候可以保守治疗，病情重的时候考虑做手术治疗。