脑栓塞的患者首先要积极的治疗原发病，治疗原发病有利于脑栓塞病情的控制和防止复发，合并有心律失常的患者应该给予抗心律失常治疗。合并有感染性栓塞的患者应该应用抗生素，防止感染扩散。对于非细菌性血栓性心内膜炎患者可以口服抗凝剂，治疗其高凝状态，同时脑栓塞的急性期应该积极的降低颅内压，改善脑水肿，抑制血小板聚集，活血化瘀，挽救缺血半暗带等治疗。脑栓塞的患者的治疗与其他类型的脑梗死的治疗原则基本相同，只不过是脑栓塞的患者需要根据栓塞原因的不同，积极的给予对因治疗。