阴茎上长小水疱一般见于霉菌感染和生殖器疱疹，可选择酮康唑软膏局部外敷、泛昔洛韦或者更昔洛韦口服，具体如下：1、霉菌感染：阴茎上除了小水疱以外，龟头以及包皮表面有大量白色的分泌物，伴有恶臭，病人自觉瘙痒，可以选择酮康唑软膏局部外敷，还要保持包皮以及龟头局部的清洁与干燥；2、生殖器疱疹：阴茎或者龟头表面有像葡萄串一样的水疱，水疱的周围有烧灼感，病人通常都有不安全的性生活史，一般建议病人选择泛昔洛韦或者更昔洛韦口服。上述疾病都可以通过性生活以及混洗衣物传播，建议大家做好安全防护。除了用药以外，还建议病人勤换内裤，保持局部的干爽、干燥，建议大家到正规的医院就诊，谨遵医嘱服用药物。