引起结石的原因非常多，其中代谢异常，尿路梗阻，感染，异物和药物使用是引起结石最常见的五种原因。代谢因素包括草酸、钙、胱氨酸、尿酸和枸橼酸代谢异常。常见的疾病有高草酸尿症，原发性甲状旁腺功能亢进，皮质醇症，饮食性高钙尿症等。其他原因引起的尿路梗阻也会引起结石，比如UPJ狭窄、输尿管狭窄、肾输尿管畸形等。感染和结石是互为因果关系的，即可引起结石，结石也可以反过来引起感染。异物也是引起结石的一个比较常见的原因，往往会引起膀胱结石。药物在引起肾脏结石中所占的比例占到百分之1到2%，主要有两大类，第一类是在尿液中浓度高而溶解比较低的药物，比如氨本喋啶，其他包括能够诱发结石形成的药物如乙酰唑胺、维生素D，维生素C等。