小便疼痛的原因比较多，最常见的原因是泌尿系的感染，例如急性的膀胱炎，尿道炎等等，主要是炎症刺激到尿道黏膜而导致的，可同时伴有尿频尿急等症状。另外如有尿道的结石嵌顿于尿道中，导致尿道黏膜的局部划伤，出现小便的疼痛症状，同时伴有肉眼血尿，可以到医院进行腹部的CT检查进一步的明确症状。