长期服用褪黑色素的副作用注意有以下几点，第一，白天容易犯困，头晕头痛，身体乏力。会让人在工作或者学习生活中产生疲劳容易打瞌睡的情况，而在夜间人体正常休息时间却不容易入睡，这会扰乱人体的生物钟。第二，可能会出现腹泻呕吐等不适症状，严重的还会出现思维混乱，心情抑郁寡欢的情况，长此以往，可能会增加患抑郁症的风险。第三，长期服用褪黑色素可能会对女性的排卵功能有很大影响，备孕期的女性应当避免服用褪黑色素。