非淋菌性尿道炎治疗首选对支原体及衣原体均有效的药物。如:强力霉素一百毫克，口服每天两次，连服七到十四天。阿奇霉素一克，三剂口服。另外还有诺氟沙星、红霉素，四环素除了滴虫对其他所有微生物都有效。治疗非淋菌性尿道炎的注意事项有:一、衣原体和支原体对青霉素、万古霉素、杆菌肽等作用于细胞壁的药物有耐药性。而对四环素和红霉素抑制膜蛋白和包浆蛋白的合成药物敏感。二、对衣原体、支原体菌敏感的药，是四环素、强力霉素和喹诺酮类药物。三、衣原体可能对四环素红霉素有多重耐药性，5%到50%的对四环素耐药，诺氟沙星是唯一对衣原体敏感有效的喹诺酮类药物。