肠炎可以分为急性肠炎和慢性肠炎，急性肠炎和慢性肠炎的病因多有不同。急性肠炎病程一般不超过3周，常见的原因是感染和药物，比如说食物被金黄色葡萄球菌、肉毒杆菌等肠毒素污染，或者食用有毒的蘑菇、海鲜等中毒可以引起急性肠炎。或者感染了病毒、细菌、寄生虫等也可以引起急性肠炎。在旅途中或旅行后发生的肠炎，我们叫做旅行者腹泻，多数为细菌感染所致。部分药物也可以引起肠炎，如长期使用抗菌药、肿瘤化疗药等，约20%接受广谱抗生素的患者可以出现肠炎，其中近半数为伪膜性肠炎。慢性肠炎的病因比急性肠炎更为复杂，诊断和治疗有时很困难，比如说慢性肠炎有炎症性肠病、放射性肠炎、缺血性肠炎、尿毒症性肠炎等。