临床应用阿莫西林的不良反应率为5%到6%。主要不良反应有：第一、过敏反应患者，可能出现发热、药物热、荨麻疹、哮喘，尤其容易发生于传染性单核细胞增多症的患者，过敏性休克很少见。第二、还可以出现消化系统症状，比如腹泻、恶心，呕吐等。第三、血液系统症状，偶见嗜酸性粒细胞增多，白细胞减少、血小板减少、贫血等。第四、肝肾功能紊乱，少数患者用药后，偶见血清氨基酸转移酶轻度升高，急性间质性肾炎。