自闭症目前发生的原因还不是很清楚，大致有以下几个方面的假说，像遗传因素，脑器质性损伤，神经生化改变，免疫性缺陷，都与儿童自闭症的发病有相关性。遗传方面，典型的自闭症同卵双生子的同病率大于60%以上，遗传度可以大于90%；环境因素，像化学品中毒，重金属超标，病毒感染也是呈一种假说；神经生化方面，神经细胞内信号传导异常，神经递质异常以及神经细胞之间离子转运异常都与发病有关系；心理缺陷理论，中枢某些部位处于低激活状态，导致患者共情能力的缺陷；神经炎症反应，神经元的迁移障碍，大脑神经元生成凋亡的缺陷，都可能是自闭症的神经病理学基础；父母亲方面的因素，围产期母亲的病毒感染，早产，父母亲感情长期不合，孕期的物质滥用等，都与自闭症的发病有关系。