阴茎上有小颗粒可能的原因如下：1、阴茎珍珠样丘疹，主要分布在龟头、冠状沟和包皮系带两侧，表现为肉芽样突起或者乳头样突起，体积较小，可长期如此，数目、大小不发生明显的变化，没有局部的分泌物，没有出血，没有异常的气味，并且不具备传染性。一般无需治疗，只要保持个人卫生，做到冠状沟周围清洁干燥即可。2、尖锐湿疣，它是通过不洁的性接触，感染人乳头状瘤病毒所致。感染后会出现局部菜花样或乳头样的小颗粒，随时间推移，体积、数目可增大、增多，并且可以形成融合，伴有表面出血，伴有感染，可有异常的分泌物，伴有局部的疼痛感。需要进行局部切除，病理确诊，确诊以后需要给予抗病毒治疗，预防其复发。