溃疡性结肠炎呈慢性过程，大多数患者反复发作，轻度或者长期缓解者预后比较好。急性暴发型、有并发症及年龄超过60岁的预后不良。近年来，由于治疗水平的提高，病死率已明显的下降。慢性持续活动或者反复发作频繁，预后较差，但是如果能够合理的选择手术治疗，也可望恢复。病程漫长者癌变的危险性增加，应该注意随访，推荐对病程8到10年以上的广泛性或者全结肠炎和病程30～40年以上的左半结肠炎、直肠乙状结肠炎患者，应该进行监测性结肠镜检查，每两年一次。