沙眼衣原体引起的急性结膜炎，局部可用0.1%的利福平或者10%的斑马眼药水，频繁滴眼，晚上涂红霉素眼膏，疗程需要10-12周，全身可口服阿奇霉素或红霉素等药物。细菌引起的急性结膜炎，在急性期用生理盐水或3%的硼酸溶液冲洗结膜囊，用左氧氟沙星滴眼液频繁滴眼，睡前涂氧氟沙星眼膏等。病毒性的急性结膜炎，常用0.1%的阿昔洛伟滴眼液或者更昔洛韦眼用凝胶。