混合型厌氧菌感染的原因，主要是致病的革兰氏阳性厌氧球菌，是消化球菌和消化链球菌，这些球菌是口腔、上呼吸道和大肠中正常菌群的组成部分，主要的革兰氏阴性厌氧菌，有脆弱拟杆菌、产黑素拟杆菌和梭状拟杆菌。脆弱拟杆菌是正常大肠内菌群的一部分，包括从腹腔内感染最常分离得到的厌氧致病菌，机体免疫功能低下时，如癌症、骨髓移植等患者容易引发真菌感染。重症监护病房的患者因长期住院容易发生医源性的感染。