临床上甲硝唑和奥硝唑都属于硝基咪唑类药物，硝基咪唑类药物临床主要针对厌氧菌和滴虫类的疾病。甲硝唑和奥硝唑的区别在于：甲硝唑属于一代的硝基咪唑类药物，奥硝唑属于甲硝唑的更新换代产品，属于三代的硝基咪唑类药物。总体的区别有：首先奥硝唑的副反应比甲硝唑少，比如甲硝唑容易和酒精产生反应，有类似于双硫仑样反应，奥硝唑由于结构的优化就不会产生；其次奥硝唑的半衰期比甲硝唑长，能够降低患者耐药率、耐药风险；最后临床上有些细菌对甲硝唑可能会产生耐药性，奥硝唑对于甲硝唑耐药的细菌临床应用有效。所以总体上奥硝唑副反应、药物的效果都较甲硝唑有提升。