大多数的肾囊肿没有明显的症状，如果肾囊肿直径达到10cm以上时才会引起患者出现症状，主要的症状就是侧腹部或者背部有疼痛感。如果肾囊肿出血、破裂，可以使囊壁扩张，包膜受压或者牵拉，可以导致患者出现剧烈的腰部疼痛。如果囊肿内出现有感染，除了出现疼痛以外，还会出现发热以及全身肌肉酸痛、恶心、呕吐的症状。通常肾囊肿一般不会引起患者出现血尿，有些个别情况下，如果囊肿压迫肾实质，也可以导致患者出现血压升高，从而导致患者有头晕、头痛的症状。