大多数情况下甲巯咪唑片的副作用并不大，只有极少数患者服用这个药物之后可能会出现一些副作用，比如有粒细胞缺乏症，血小板减少，泛发性淋巴结病。还有罕见的内分泌异常，如胰岛素自身免疫综合征，以及神经系统异常，如味觉丧失以及神经炎，多发性神经病，还有少数患者出现有过敏性皮炎，比如泛发性皮炎，脱发等。大多数情况下通过合理的用药并且随时密切监测病情变化，随时调整治疗方案，副作用都不会很大。