长期吃金水宝胶囊是有副作用的。首先，因为这种药物本身是一种酸性的药物，如果空腹服用，会在长期服用的时候对消化道造成刺激，引发反酸、胃痛、恶心等现象，如果一旦出现这种情况，建议咨询医生可以更换为其他药物进行替代治疗。其次，这种金水宝胶囊本身适用于治疗肺肾双虚、精气不足，属于滋补类的药物，建议本身有感冒发烧的病人不要长期服用，避免导致原有的感冒症状加重，使人体的健康受到持续性的影响。