亚甲炎的病因大多是因为病毒感染，多数患者是在上呼吸道感染以后紧接着起病，发病的时候，患者血清中某些病毒的抗体滴度是比较高的。包括有柯萨奇病毒、EB病毒、腺病毒、流感病毒和腮腺炎病毒等等，当腮腺炎流行的时候，还可以形成流行性的甲状腺炎。