灰指甲的病因是因为真菌侵犯甲床或者是甲板所导致的病变，一般的真菌包括酵母菌、皮肤癣菌和非皮肤癣菌性霉菌，其中皮肤癣菌引起的又叫做甲癣，是皮肤科的常见疾病。因为外用药物难以渗透甲板，所以灰指甲的治疗相对比较困难、耗时比较长、复发率比较高。大多数的病因是因为患者对真菌的易感性比较高、甲板缺乏细胞免疫功能等等。有一些高危的人群比如男性老年人、脚趾甲的发病率多于手指甲、如果患者患有足癣，穿不透气的鞋子或者是指甲受过外伤都可以增加感染的风险。