维生素B6除参与神经递质、唐原、血红素、类固醇和核酸的代谢外，还参与所有氨基酸的代谢。维生素B6与一碳单位维生素B12和叶酸盐的代谢，如果它们的代谢障碍可以造成具有红细胞性的贫血。维生素B6缺乏会损害DNA的合成，这个过程对维持适宜的免疫功能是非常重要的。另外，维生素B6与维生素B2的关系十分密切，维生素B6缺乏常常伴有维生素B2缺乏的症状。维生素B6有降低慢性病的作用，轻度睾酮性半胱氨酸血症被认为是血管疾病的一种可能危险因素，维生素B6的干预可以降低血浆同型半胱氨酸氨酸的含量。