男性在射精时出现疼痛的症状，最可能的原因是发生了精囊炎等生殖系统疾病，其次是可能发生了尿道炎。男性射精的过程有整个生殖系统器官以及尿道参与，任何部位发生炎性疾病时，其黏膜都可能会发生炎性改变，如黏膜炎性水肿、糜烂等改变，在这些器官肌肉收缩时即会出现疼痛的症状。除了以上炎性疾病以外，当患者发生生殖系统器官外伤时，也可能会出现疼痛等症状。所以需要及时到泌尿外科就诊，完善精液常规、尿常规等相关检查以明确诊断，再针对具体的病因给予针对性治疗，在治疗期间需要暂时禁止进行性生活。