不同原因导致的脚底长小水泡，其治疗方法是不一样的，应根据病情选择局部用药、系统用药等。若是足癣所致，是由真菌感染引起，可选择外用抗真菌类药物，常见的比如盐酸布替萘芬乳膏、硝酸舍他康唑乳膏等；外用药物效果欠佳者必要时可以系统使用抗真菌药物，包括特比萘芬片、氟康唑胶囊等。若是汗疱疹所致，可选择外用糖皮质激素类，常见的包括哈西奈德溶液、丙酸氯倍他索乳膏等；系统用药可选择抗组胺类，常见的包括苯磺贝他斯汀、非索非那定等。