引起肛瘘的原因有很多，最常见的就是肛周脓肿，多数肛瘘形成主要是肛周脓肿破溃引起，肛周脓肿成脓以后经肛周皮肤或肛管直肠黏膜破溃，脓液充分引流，脓腔随之逐渐缩小，脓腔壁结缔组织增生，使脓腔缩窄，形成或弯或直的管道即成肛瘘。肛腺感染比较常见，肛窦炎导致肛腺管开口充血水肿，肛腺内分泌物排出不通畅，从而引起感染扩散。如果患者行肛门镜检查时损伤肛管直肠，细菌侵入伤口也会引起感染，从而形成肛瘘。如果患者存在白血病、再生障碍性贫血等全身疾病，机体抗感染力下降，也容易导致肛瘘的形成。