替硝唑和甲硝唑主要有以下几个区别：1、抗菌效果不同，替硝唑的抗菌效果以及抗寄生虫的效果要比甲硝唑强。2、作用时长不同，替硝唑的半衰期比较长，所以它作用的时间比甲硝唑要长。3、副作用不同，替硝唑的副作用要比甲硝唑小。替硝唑和甲硝唑都是属于硝基米唑类的药物，它们具有抗厌氧菌、抗滴虫、抗寄生虫等作用。替硝唑是属于第二代硝基咪唑的药物，而甲硝唑是属于第一代硝基咪唑类的药物，替硝唑是属于甲硝唑的衍生物。