胃肠神经官能症主要是药物对症治疗。如果患者是腹痛为主，可以口服一些解痉类的药物，比如匹维溴铵片，还有颠茄片等等。如果患者以腹胀、恶心、呕吐表现为主，可以口服一些促进胃肠道动力的药物。比如莫沙必利分散片、马来酸曲美布丁之类。还可以辅助口服助消化的药物来促进食物在胃肠道内的消化与吸收。如果患者是以大便不成形、排便次数增多等表现为主。可以口服一些益生菌来调节肠道菌群。如果患者存在精神障碍、情绪低落等表现，还可以口服一些调节情绪的药物，比如黛力新。