肥厚性心肌病的药物治疗，主要目的是改善其临床的症状，目前此方面上缺乏临床实验证据，一般认为贝塔阻滞剂为一线用药，对贝塔组织剂不能耐受或者是有禁忌时，可以选用钙离子拮抗剂。对于肥厚型梗阻性心肌病钙离子拮抗剂，由于扩张血管的作用，有可能会使流出道梗阻加重，特别是要当心出现心功能不全时，像洋地黄制剂和利尿剂能够使心肌收缩力加强，血容量减少，可加重心室内的梗阻，若心塞时有快十率的房颤，可以使用洋地黄，谨慎使用利尿药物，比如注意减轻肺淤血的症状，如与贝塔受体阻滞剂或者是钙拮抗剂合用，则效果更好。