多囊肾需要根据其疾病的严重程度及出现的临床症状，选择就诊于肾内科或者泌尿外科。如单纯因肾囊肿增大或破裂出血所引起的腰疼，肉眼血尿等原因，建议就诊于泌尿外科。通常需要结合患者的情况来选择进行去顶减压术等治疗的办法。如患者并不存在上述问题，而是随疾病的进展已经出现了慢性的肾功能不全，以及随之所出现的肾性贫血，肾性高血压等临床表现时则建议就诊于肾内科。多囊肾也是造成慢性肾衰竭的一个主要的病因之一，临床出现慢性肾衰竭之后与其他原因例如肾炎等所导致的慢性肾衰竭治疗方案是基本一致的。终末期的肾病需要透析等肾脏替代治疗。