大部分眼药水的使用应当严格遵循医嘱，眼药水要滴多长时间则要根据病情的程度及病程长短决定。（1）病程较短的细菌性结膜炎，需应用抗菌眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，在使用用3～4天症状会明显地缓解甚至消失，再巩固2～3天就可以停药。（2）季节性的过敏或常年性的过敏导致的角结膜炎，则需使用抗过敏的药水如奥洛他定，这类的药水根据好发季节性和常年性，可能要用整个春季或秋季，甚至一整年。（3）长程的疾病例如开角型青光眼一旦诊断以后，需要长期，或终身规律应用抗青光眼药物，不能因眼压暂时正常而停药。所以药物的使用时间需要在医生的监督与调控的。擅自长期使用或不当停药都是不可取的。长期、不恰当使用眼药水会导致药源性干眼症、药源性青光眼、药源性哮喘以及无菌性角结膜炎；擅自停药则会导致：病情反复甚至加重例如青光眼眼压骤然升高、视力突降等。