在医学上一般把小便分叉的原因归纳为两大类，偶发性或一时性尿分叉称生理性尿分叉，经常性和长期性尿分叉称病理性尿分叉。生理性尿分叉是偶发或一时性的，这大多与疾病无关，其主要是由于前尿道或尿道开口处临时有阻塞，比如因为一整夜间尿积存于膀胱内，膀胱内压力大，尿排出时力量大，使尿道口形态暂时改变所致，还有是男子射精后，因部分精液还残存尿道中，海绵体充血尚未完全消失，导致尿流不畅，这些情况均属暂时的排尿变化，不是病态，也不必疑虑。病理性尿分叉为经常的或长期的排尿分叉，很可能与一些疾病相关，长期排尿分叉大多有后尿道或尿道口处狭窄，或因慢性炎症后形成瘢痕，导致了尿液不能通畅排出，急性尿道炎、前列腺炎由于尿道充血、肿胀、分泌物增多，可影响尿液的通畅，而出现分叉现象。