扁桃体发炎的药物治疗主要是根据病情程度和类型来判断，绝大部分扁桃体发炎都是因为急性细菌感染导致的，这种情况首先考虑的是抗生素，比较常用的就是头孢类的，还有青霉素类的，一般选择其中一个就可以了，主要的目的就是针对细菌感染进行抗感染治疗，有助于改善咽喉疼痛，逐步缓解扁桃体炎症，同时还可以考虑用中成药辅助，比如蓝芩口服液或者是蒲地蓝消炎片，一般选择其中一个就可以，有一少部分人是因为病毒感染导致的扁桃体发炎，也就是传染性单核细胞增多症，这种情况主要是考虑抗病毒的药物，治疗同时如果有肝功能异常的，还需要配合用保肝药物，定期复查观察恢复情况。