目前川崎病的必病因并不明确，根据以往数次小流行中，曾有家庭发病情况。临床上又有许多表现酷似急性感染，提示有病原体存在，男婴发病较多，日本发病率高，至今未找到直接致病病原体，感染的说法不能完全成立，在所有病原菌中最受关注的是链球菌，但至今从未由患儿体内分离到链球菌。也有人提到一种在禽兽间致病的耶尔森菌中的假结核性株感染似与小儿皮肤粘膜淋巴结综合征相关，但也无法找到确实的证据。